안용복이 일본에 간 것은 두 번이었다.

   처음은 울릉도에 고기잡이하러 갔던 1693년으로 박어둔과 함께 일본에 잡혀갔을 때다. 이때 호키주(百耆州) 태수와 에도막부가 조선과 일본 사이에서 농간부리는 것이 심함을 밝히고 막부로부터 울릉도가 조선 영토임을 확인하는 문서를 받아냈다. 그러나 돌아오던 중 대마도주에게 잡혀서 문서를 빼앗기고 구금되었다.

   대마도주는 울릉도를 차지하기 위해 다케시마(竹島)문서를 위조하여 같은 해 9월 사신을 동래에 보내어 안용복을 송환하는 동시에 문서로 조선의 어민이 일본영토인 다케시마에서 고기잡는 것을 금지시켜줄 것을 요청하였다. 

   이 요청에 대한 답신으로, “비록 우리나라의 울릉도일지라도 아득히 멀리 있는 이유로 마음대로 왕래하지 못하게 했습니다. 지금 이 어선이 감히 일본의 죽도(울릉도를 칭함)에 들어간 일로 번거롭게 돌려보내도록 하고, 멀리서 서신으로 알리게 되었으니, 이웃나라와 교제하는 정의로는 실로 기쁘게 느끼는 바입니다. 바다 백성이 고기를 잡아서 생계로 삼게 되니 물에 떠내려가는 근심이 없을 수 없지마는, 국경을 넘어 깊이 들어가서 난잡하게 고기를 잡는 것은 법으로서도 마땅히 엄하게 징계하여야 할 것이므로, 지금 범인들을 형률에 의거하여 죄를 주고, 이후에는 연해 등지에서의 어업활동에 관한 것을 엄하게 제정하여 이를 지키도록 할 것이오”라고 하였다.