당시 중대본은 신천지 강제수사에 대해 “신천지에 대한 강압적 조치는 방역에 도움이 되지 않는다”며 반대 입장을 밝혔다. 김강립 중대본 1총괄조정관(보건복지부 차관)은 3월 4일 브리핑에서 “정부의 강압적인 조치들로 인해 신천지 신자들이 음성적으로 숨거나 (밝혀야 할 내용을) 밝히지 않는 움직임이 확산될 경우 오히려 방역에 있어 긍정적이지 않은 부분도 나타날 수 있다”고 했다. 검찰이 압수 수색 등 강제수사에 돌입하는 것에 반대 입장을 분명히 밝힌 것이다.당시 이 과정에서 정치 논리가 전염병 방역에 영향을 준다는 논란도 제기됐다. 추 장관은 3월 4일 국회 출석한 자리에서 “보건복지부 장관이 강제 조치를 직접 요청했다”는 말도 했다. 실제 중대본은 대검에 브리핑 내용과는 다른 압수수색이 필요하다는 취지의 공문을 보내기도 했다. 이에 대해 당시 중대본 관계자는 “윗선에서 압수 수색 협조 요청을 보내라고 해 그런 팩스를 보냈다”고 했다.